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如何從-80℃凍存的抗凝全血中提取RNA(技術文章)

作者:新景實驗室
版權說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請標注出處和本文鏈接

我們先來看網(wǎng)絡上的一個求助帖:

已經(jīng)積攢了一批抗凝血由于當時未多加考慮,取標本后就直接放在-80度了,請問:
這樣對提取RNA影響大嗎我該怎樣防止血液融化時RNA被酶解呢?具體該怎樣操作呢?
謝謝。我是新手,請多幫助!!!!
回復
凍存的時間過長,即使溫度很低,RNA也可能降解。
你的這種情況,在融解之前在凍塊上面加入RNA酶抑制劑溶液后再融解,融解過程中注意抑制劑溶液及時與融化血液混合,不要劇烈振蕩。只要RNA在凍存過程沒有降解,這樣就不會有太大問題。
回復
這樣不可避免RNA的降解。
我們也遇到這樣的問題,我們的首席教授告訴我們應該在凍存時直接加入TRIZOL。這樣可以避免RNA被降解。
回復
非常感謝!只有提提試一下了。
RNA酶抑制劑溶液是指的什么?1 ml血液加多少有要求嗎

從上面的求助帖中我們可以總結出幾大信息:

1. 血液直接凍存到-80℃再提取是個大問題,沒有人能確切回復可行的操作方案。實際上即使我們查找著名的核酸純化試劑盒公司QIAGEN的網(wǎng)站,也找不到從-80℃凍存的血液中提取RNA的方法。

2. 血液不加任何試劑直接凍存在-80℃時,RNA會降解嗎?如果會降解,多久會降解完?

回復的建議都是猜測性的,沒有做過實際的測試。

眾所周知,RNA容易降解,所以一般提取RNA都會使用新鮮的樣本,如果新鮮樣本不能立即提取RNA,應立即放到-80℃凍存從這一點上講,發(fā)帖的求助者也沒做錯。但關鍵是血液中的紅細胞不含有RNA,提供RNA的主要是白細胞,市面上主要的血液RNA提取試劑盒(比如QIAGEN)用到的原理是將白細胞與其它組分分離(用紅細胞裂解液去除紅細胞)再提取其中的RNA。一旦血液經(jīng)過冷凍就會出現(xiàn)溶血現(xiàn)象,這時所有的細胞都發(fā)生破裂,已經(jīng)無法分離白細胞了,使用這種方法自然也就提不到RNA

Simgen獨創(chuàng)的全血總RNA試劑盒,是無需紅細胞裂解液分離白細胞,直接從全血中提取RNA的,是不是能從冷凍的抗凝血中提取到RNA呢?讓我們實測一下吧:

實驗材料:-80℃冷凍75天的抗凝全血;預先按500 μl血樣比1 ml Buffer L9的比例加入Buffer L9的同一個抗凝全血樣本作為對照組(備注:Simgen 全血總RNA試劑盒中的Buffer L9與抗凝全血預混后可在-20℃長期凍存,RNA不會降解)。

實驗試劑:全血總RNA試劑盒(simgen,Cat.No.5201050)、

cDNA第一鏈合成試劑盒(simgenCat.No.7306025、

2×SYBR Green PCR Mixsimgen,Cat.No.7106100

β-actin引物(Forward TGACGTGGACATCCGCAAAG

/Reverse:  CTGGAAGGTGGACAGCGAGG

實驗方法:

1. 分兩組進行對比實驗,每組各做兩管:第一組22 ml離心管,加入500 μl新鮮全血,編號12;第二組加入500 μl新鮮全血后再加入1 ml Buffer L9,混合均勻,編號34。將兩組樣本置于-80℃凍存,凍存75。

2. 75天后取出后置于室溫,待血樣全部融化后,12中加入1 ml Buffer L9混合均勻

3. 13000 rpm離心10分鐘;

4. 吸取700 μl離心上清轉(zhuǎn)移到裝有500 μl無水乙醇的1.5 ml 離心管中,混勻;

5. 分兩次將混合液轉(zhuǎn)移到核酸純化柱中,離心去濾液

6. 依次用500 μl Buffer WA700 μl Buffer WBR洗滌一次;

7. 50 μl RNase-Free Water洗脫RNA;

8. 在微量紫外分光光度計上測量RNA的濃度;

9. 瓊脂糖凝膠電泳;

10. 逆轉(zhuǎn)錄制備cDNA;

11. 5 μl cDNA模板進行RT-PCR檢測。

實驗結果:

1.在微量紫外分光光度計上用RNase-Free Water調(diào)零,測量洗脫下來的RNA,結果如下,


表一的數(shù)據(jù)上可以看出兩種方處理的抗凝血經(jīng)過75天的長期保存后均提取出了RNA,且濃度并無太大差異。

2.1%的瓊脂糖凝膠上,加入8 μlRNA,電泳15 min,結果如下,


從圖一所示的電泳圖中可以看出,四個樣本的電泳條帶都很清晰。

 3.熒光定量PCRβ-actin基因檢測結果,


從圖可以看出,兩組不同處理的冷凍全血中提取的RNA經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄后獲取的cDNART-PCR檢測中幾乎與陽性同時起線,且Ct值較靠前。

從本次實驗可以得出結論:由于Simgen全血總RNA試劑盒可以從血液中直接分離純化總RNA,不需事先分離白細胞,自然也不怕冷凍血液溶血。本次實驗測試,一次可以從500 μl -80℃貯存75天的冷凍全血中提取到3 μg左右的血液總RNA,且純度很高,完全滿足后續(xù)基因檢測的需要。

最后我們可以對網(wǎng)絡上的求助帖做幾條有價值的回復了:

1. -80℃凍存的抗凝全血,如果用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA則結果影響不大。

2. 抗凝全血在-80℃凍存時間小于75天的,提取到的RNA尚未觀察到有嚴重的降解。

3. 解凍后的抗凝全血立即用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA,即使不加RNA酶抑制劑,RNA也不會被降解。

對具體操作感興趣的同學,也可以點擊觀看視頻:https://v.qq.com/x/page/g0323yn2iz8.html



操作視頻



Simgen實驗室

2017.12.02




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